解放前敦煌莫高窟考古工作基本上是一片空白,虽然期间也有西方探险家们如斯坦因、伯希和、俄登堡等对洞窟的记录、测绘与拍摄,但都是以盗掘文物为主要目的,因此,算不上完全和科学意义上的考古。到了国立敦煌艺术研究所时期,由于条件的限制和人员的不足,加之国立敦煌艺术研究所又是处于半瘫痪状态,同时以常书鸿为首的工作人员基本上全是美术专业出身,因此以临摹为主,当然也有考古成果,后来均已发表出版,其中最为显著的是石璋如《莫高窟型》,又有张大千《莫高窟记》,谢稚柳《敦煌艺术叙录》,史岩《敦煌石室画像题识》。到了1949年新中国成立以后,敦煌莫高窟考古工作才全面展开,首先是敦煌文物研究所(1984年改为敦煌研究院)组织人员对洞窟内容进行全面而详尽的普查,对每一窟每一幅画进行识读与考证定名,以《敦煌莫高窟内容总录》(后又补入其它洞窟内容为《敦煌石窟内容总录》)为集大成,同时也发表了大量的各类经变画等专题研究论文。其次便是对洞窟供养人画像题记的抄录与研究,体现在《敦煌莫高窟供养人题记》一书中。这二项工作均动用了大量的人力、物力与财力,是常年驻守敦煌的专家学者们辛勤工作几十年的血汗的结晶,是进行敦煌研究的必读参考与工具书。作为石窟考古,单个洞窟的考古报告是以后所要着重进行的一项长期工作,莫高窟、榆林窟、西千佛洞等处石窟的考古报告将是敦煌石窟考古的一项巨大工程。
以上是洞窟内容的考古,下面我们着重谈一下莫高窟的区域考古,这种考古类似田野考古。首先值得一提的是莫高窟窟前殿堂建筑遗址的考古清理发掘,这一工作从1966年至1999年先后进行了四次,均为配合洞窟加固工程,这一工作现基本结束,主要成果有《莫高窟窟前殿堂建筑遗址》及相关报告。其次是莫高窟北区洞窟的考古清理发掘,从1988年至1995年先后几次发掘,对莫高窟北区洞窟有了全面的认识,已有《莫高窟北区石窟》出版。
莫高窟考古的另一项重要和不可缺少的工作便是周边遗址的考古发现,如有大泉河南谷城成湾华塔与寺院遗址,三危山中观音井、老君堂、和尚沟几处寺院遗址,特别是近两年来莫高窟五个墩采石场遗址、九层楼对面戈壁滩塔林、大泉河东岸洞窟、城成湾地震台洞窟的发现,表明在莫高窟一带的三危山中、大泉河两岸和戈壁滩中原应有为数不少的古代遗址,均与莫高窟洞窟有着极其密切的关系,相互之间构成一个完整的莫高窟石窟寺。因此作为莫高窟考古前景展望,以上众多遗址的考古清理发掘急待进行,以便彻底地弄清这些遗址的面貌与洞窟之间的相互关系。多年来断断续续的古遗址发现,表明在莫高窟周边区域内曾经相当的繁华与兴盛,或许还有遗址未被发现,如有文献中记载在莫高窟有葬人之事,那么其墓址在什么地方?莫高窟还有不少的寺院,其寺址又在何处?同样的情况在榆林窟等其它几处石窟遗址又是怎样一种情形呢?这些均为敦煌石窟考古的未知领域,前景广阔。