1772年,乾隆皇帝下旨令,要求辑佚库书、广征遗书,开始编撰《四库全书》。《四库全书》是中国历史上最大的一部丛书,卷帙十分浩大,一律正楷抄写,分抄七部,分送全国七阁保藏。七部《四库全书》,前四部分藏于北京紫禁城皇宫之文渊阁,圆明园之文源阁,热河行宫之文津阁,奉天行宫之文溯阁。后三部分藏于扬州大观堂之文汇阁,镇江金山寺之文宗阁,杭州孤山圣因寺之文澜阁。
1781年,即文溯阁所藏是乾隆四十七年抄成的正本,同年11月至翌年初,分四批由四库总校官护送从北京运抵沈阳。八国联军侵华、沙俄侵占沈阳故宫后,文溯阁《四库全书》遭到破坏,“间有缺册”。
1914年,袁世凯炫耀文治武功,将沈阳故宫珍藏(包括《四库全书》)运至北京。袁世凯倒台后,《四库全书》放置在北京古物陈列所。1924年,奉系有识之士趁势提出送还《四库全书》之议,遂于1925年8月璧还沈阳,继续藏于文溯阁。
1931年,“九一八”事变爆发,东北国土沦陷,文溯阁《四库全书》与沈阳城一起落入日本人手中,后以伪满洲国国立图书馆之名代为封存。
1950年,朝鲜战争爆发,为了保护好《四库全书》,该书被再一次运出沈阳,辗转多地存放,1954年,《四库全书》被运回沈阳故宫文溯阁。
1966年,出于战备考虑,文化部决定《四库全书》从沈阳故宫文溯阁拨交甘肃保存。同年,文溯阁《四库全书》经过长途跋涉,秘密运至兰州,藏在兰州永登连城鲁土司衙门大经堂。1971年,文溯阁《四库全书》又从永登连城秘密迁移至榆中县甘草店战备书库。
1999年,为了进一步优化文溯阁《四库全书》收藏保护环境,甘肃省决定在兰州九州台修建文溯阁《四库全书》藏书楼。
2005年7月,文溯阁《四库全书》藏书楼在兰州九州台竣工并投入使用。